Penghasilan vaksin mempunyai beberapa peringkat. Antigen sendiri dihasilkan terlebih dahulu. Virus-virus dibesarkan sama ada di sel utama seperti telur ayam (untuk influenza misalnya) ataupun di baris sel yang berterusan seperti sel-sel manusia berkultur (contohnya vaksin untuk hepatitis A).[19] Bakteria mengalami proses tumbesaran di dalam bioreaktor (contohnya, Haemophilus influenzae jenis b). Protein berkombinasi yang berasal dari virus atau bakteria boleh dihasilkan melaui proses sama dengan ragi, bakteria, atau kultur-kultur sel sebagai bahan mentah.

Selepas antigen dihasilkan, ia diasingkan dari sel-sel penghasil. Virus mungkin perlu dinyahaktifkan tanpa perlunya pembersihan tambahan. Kombinasi protein perlu banyak operasi yang melibatkan ultraturasan dan ruangan kromatografi. Di tahap akhir penghasilan, vaksin dirumuskan dengan penambahan pembantu (adjuvant), penstabil, serta pengawet mengikut keperluan. Pembantu ataupun adjuvant meningkatkan tindak balas imun antigen, penstabil memanjangkan jangka hayat penyimpanan sementara pengawet bertindak membantu penyimpanan vaksin-vaksin dalam botol multidos.[20]

Vaksin berkombinasi lebih rumit untuk dibangunkan dan dihasilkan atas kemungkinan antigen-antigen tidak serasi ataupun mudah bertindak balas dengan bahan-bahan kimia tambahan di dalam vaksin.