Windows Neptune ialah versi Microsoft Windows yang dibangunkan dari awal 1999 ke awal 2000. Tujuannya ialah membangunkan sistem pengendalian pengguna rumah dari sumber sama dengan Windows 2000 berasaskan NT yang dimajukan untuk pengguna bisnes, menggantikan sistem pengendalian pengguna rumah Windows 9x berasaskan DOS. Walaupun, selepas keluaran Windows 2000, kumpulan Neptune digabungkan dengan kumpulan Windows 2000 untuk bekerja di atas projek "Whistler" yang dikeluarkan di akhir tahun 2001 sebagai Windows XP[1], dan Microsoft mengeluarkan satu lagi sistem pengendalian pengguna rumah berasaskan DOS dipanggil Windows Me.[2]