Meskipun para penutur bahasa Jepun menyebut matawang ini sebagai "en", nama matawang ini dieja sedemikian dengan huruf 'y' kerana mengikut sebutan zaman Edo yang dituliskan pelawat yang bertutur Inggeris serta mubaligh-mubaligh Krisitian Portugis, di mana fonem /je/ masih wujud dalam bahasa Jepun ketika itu sehingga ia berubah menjadi fonem /e/.[5]

Perkataan 'yen' pada asalnya ditulis sama dengan perkataan 'yuan' daripada unit mata wang China iaitu yuan (Cina tradisional: 圓; pinyin: yuán). Kini, perkataan 'yen' ditulis dengan aksara yang diringkaskan iaitu 円.