Pada tahun 1957, Malayan Agri-Horticultural Association (MAHA) membuka zoo kecil. Selepas penciptaan zoo mini, idea zoo betul secara beransur-ansur mendapat momentum, dan kerajaan persekutuan memilih tempat di Ulu Klang, Selangor bersebelahan dengan sempadan Kuala Lumpur. Pada tahun 1960, Ulu Klang adalah kawasan hijau yang belum dibangunkan. Pada tahun 1963, Perdana Menteri pertama Malaya (kini Malaysia) YTM Tunku Abdul Rahman membuka zoo kepada orang ramai. Zoo Negara telah dikenali sebagai "Zoo di Rimba" kerana tumbuh-tumbuhan hijau yang mengelilingi kawasan itu.

Zoo itu mengalu-alukan pengunjung kesejuta pada 14 Februari 1966, hanya tiga tahun selepas pembukaan, dan menjelang 1986, zoo itu mengalu-alukan lebih daripada 1 juta pelawat setiap tahun.[1]

Kawasan di sekitar zoo itu dipenuhi dengan tumbuh-tumbuhan sehingga tahun 1970-an sebagai Kuala Lumpur menjalani ledakan ekonomi. Memandangkan Ulu Klang berdekatan dengan Kuala Lumpur, kawasan yang telah dibuka untuk pembangunan berskala besar sebagai kawasan perumahan yang dirancang pada tahun 1980-an. Ia telah berkembang dari segi penduduk sejak itu. Pembangunan ini telah menyebabkan kawasan di sekeliling zoo dan juga meningkatkan nilai tanah di mana zoo itu terletak.

Pada akhir 1990-an dan awal tahun 2000, terdapat rancangan untuk memindahkan zoo untuk lokasi lain di Selangor. Walau bagaimanapun, rancangan sebahagian besarnya tidak popular di kalangan orang ramai kerana ia dilihat sebagai satu usaha oleh beberapa pemaju untuk mengambil kesempatan ke atas nilai tanah besar zoo. Dengan sokongan daripada Kementerian Sumber Asli dan Alam Sekitar Malaysia dan Kerajaan Negeri Selangor, Zoo Negara tidak akan dipindahkan.