• 1881: Pingat Davy Royal Society di London
• 1884: Ahli Felo Akademi Seni dan Sains A.S.
• 1885: selidik di keturunan bangsawan Kerajaan Bavaria
• 1895: dimasukkan ke Order Pour le Merite untuk Sains dan Seni[3]
• 1903: Pingat Liebig, diberikan oleh Persatuan Kimia Jerman
• Tahun 1905: Hadiah Nobel dalam Kimia

Sejak 1911, penubuhan Pingat Adolf von Baeyer yang diberikan setiap tahun.

Nama beliau tersergam dalam pelbagai "reaksi nama" sebagai pengoksidaan Baeyer-Villiger dan reaksi Baeyer. Terdapat juga nomenklatur Von Baeyer dalam kimia struktur dan teori terikan Baeyer (yang memberikannya hadiah Nobel) sebatian alisiklik.

Beliau telah dipilih sebagai ahli untuk beberapa akademi saintifik, di dalam tahun 1884 ke Akademi Sains Prusia[4] dan ahli asing Royal Society 1885.[5]

Pada tahun 2009 kawah bulan von Baeyer dinamakan sempena namanya.