JICA telah ditubuhkan melalui undang-undang yang berkaitan dengan Institusi Pentadbiran Agensi Kerjasama Antarabangsa Jepun Bebas (Undang-undang No.136 pada 6 Dis 2002). Organisasi semasa telah ditubuhkan pada 1 Oktober 2003 menurut lakaran dalam Kerjasama Antarabangsa (Kerajaan Bebas) Akta Agensi 2002. Sebelumnya, Agensi Kerjasama Antarabangsa (Jepun) (juga dikenali sebagai " JICA "), adalah sebuah pertubuhan separakerajaan di bawah bidang kuasa Kementerian Luar Negeri (Jepun), yang ditubuhkan pada tahun 1974. Satu komponen utama semakan semula menyeluruh ODA Jepun Bahawa Kerajaan Jepun (Diet ) telah memutuskan pada bulan November, 2006 adalah penggabungan pada tahun 2008 antara JICA dan sebahagian daripada Bank Jepun bagi Kerjasama Antarabangsa (JBIC) yang memanjangkan masa pinjaman konsesi bagi Negara-Negara Membangun.

Sejak ia siap pada 1 Oktober 2008, "JICA Baru" telah menjadi salah satu Organisasi pembangunan dua hala yang sukar ditandingi di dunia dengan rangkaian 97 pejabat di luar negara, projek-projek di lebih daripada 150 buah negara, dan sumber kewangan yang ada bagi Kira-kira 1 trilion yen ($8.5 juta). Agensi disusun semula juga bertanggungjawab untuk mentadbir sebahagian daripada Geran Bantuan Jepun yang kini di bawah bidang kuasa Kementerian Hal Ehwal Luar Negeri dan kesemua tiga komponen ODA utama - kerjasama teknikal, bantuan geran, dan konsesi pinjaman kini diurus "di bawah satu bumbung ." JICA baru juga akan mengukuhkan keupayaan penyelidikan dan latihan dalam tahun-tahun mendatang, yang bertindak sebagai sejenis pemikru ODA, menyumbang kepada pembangunan strategi pembangunan global, mengukuhkan kerjasama dengan institusi antarabangsa, dan menjadi lebih mampu untuk berkomunikasi mengenai kedudukan Jepun bagi pembangunan utama dan isu-isu bantuan.