Pada 2 November 2013 sekitar jam 1.30 petang, selepas mendapat tauliah untuk mengajar Said Nursi Risalah an-Nur dari Yayasan Hayrat, beliau dijangka mengajarkannya kepada murid-muridnya di Istanbul.[2] Ammar dilanggar oleh ambulans ketika melintas jalan dan meninggal dunia di tempat kejadian.

Pada keesokan harinya, beliau disembahyangkan di Masjid Eyüp Sultan dan dikebumikan di Perkuburan Eyüp sebagai penghormatan kepada beliau dan atas permintaan bapanya.[3] Beliau ialah orang asing pertama yang diberi penghormatan oleh Turki untuk dikebumikan di sana.

Berita kematian beliau dan kisahnya meluas di beberapa negara termasuk Malaysia, Turki dan Kemboja. Beribu-ribu orang menghantar takziah kepada keluarganya, termasuk Menteri Luar Turki, Ahmet Davutoğlu.

Selepas kematiannya, keluarganya dengan kerjasama Kumpulan Penyelidikan Peradaban Dunia (GPTD) membuka halaman Facebook, Şehıdımız Ahmad Ammar, sebagai tanda ingatan buatnya.