Dilahirkan pada tahun 985 M., Abu ‘Ali “Mansur” menggantikan ayahandanya Abū Mansūr Nizār al-Azīz (975–996) dalam usia sebelas tahun pada 14 Oktober, 996 dengan gelaran al-Hakim Bi-Amr Allah. Beliau merupakan khalifah kerajaan Fatimiyah yang pertama dilahirkan di Mesir.

Sebagai ahli keluarga dinasti Fatimiyah yang berkontroversi, Al-Hakim telah mengalami beberapa kesukaran semasa pemerintahannya. Walaupun beliau tidak kehilangan beberapa wilayah di Afrika Utara, masyarakat Ismailiah telah diserang oleh orang Sunnah yang dipimpin oleh orang yang menganut fahaman mazhab Maliki. Perhubungan di antara kerajaan Fatimiyah dan kerajaan Qarmatian di Bahrain juga tetap baik. Di dalam kata lain, polisi Syria al-Hakim telah berjaya mengembangkan pengaruh Fatimiyah ke wilayah. Di utara, bibit perpecahan di antara kelompok tentera Fatimiyah yang terdiri dari orang Barbar dan Turki telah membawa masalah lain kepada pemerintahan Khalifah al-Hakim.

Pada asalnya, wasitanya (sama gelaran dengan wazir), Barjawan telah bertindak sebagai ketua maya wilayah kerajaan Fatimiyah. Walau bagaimanapun, selepas penyusunan semula pada tahun 1000 M., al-Hakim telah memegang semua kuasa pentadbiran di tangannya dan menghadkan kuasa wasita dan wazirnya. Sepanjang 20 tahun pemerintahannya, terdapat 15 orang wasita dan wazir. Al-Hakim juga memusatkan rajah agama Druze

Semasa pemerintahannya, Al-Hakim dilihat tidak bertoleransi dengan agama-agama lain. Sebagai contoh, beliau telah meruntuhkan Gereja Holy Sepulchre di Jerusalem yang menjadi punca meletusnya Perang Salib.