Anatomi perbandingan merupakan kajian persamaan dan perbezaan dalam anatomi pelbagai organisma. Ilmu ini amat berkait rapat dengan biologi evolusi and filogeni (evolusi spesies).Anatomi perbandingan telah sekian lama berperanan sebagai bukti evolusi dan menunjukkan bahawa pelbagai organisma berkongsi satu leluhur yang sama. Begitu juga, anatomi perbandingan membantu saintis dalam mengelaskan organisma berasaskan keserupaan ciri-ciri struktur anatomi. Anatomi perbandingan menyokong teori 'keturunan dengan pengubahsuaian' (descent with modification) yang diusulkan oleh Darwin.Satu contoh am anatomi perbandingan ialah struktur-struktur tulang yang serupa pada tungkai hadapan kucing, ikan paus, kelawar dan manusia. Kesemua anggota ini terdiri daripada anggota-anggota asas yang sama, tetapi jauh berbeza fungsinya. Bahagian rangka yang membentuk struktur yang digunakan untuk berenang seperti sirip mungkin sekali tidak sesuai untuk membentuk sayap yang lebih sesuai untuk terbang. Salah satu penjelasan untuk keserupaan pembentukan tungkai depan ialah keturunan dengan pengubahsuaian. Menerusi mutasi yang rambang dan pemilihan semula jadi, struktur anatomi lama-kelamaan menjadi lebih tersuai dengan habitat masing-masing setiap organisma.[1]Dua konsep utama anatomi perbandingan ialah: