Beliau adalah salah seorang daripada beberapa graduan CalArts yang diupah oleh John Kricfalusi untuk bekerja di Mighty Mouse: The New Adventures di studio Ralph Bakshi.[2]

Dalam temu bual dengan Majalah World Megan Basham, Stanton menjelaskan visi tunggalnya untuk WALL-E: "Yang benar-benar tertarik dengan saya ialah idea tentang perkara yang paling manusia di alam semesta sebagai mesin kerana ia mempunyai minat yang lebih besar untuk mencari tahu apa titik Hidup adalah daripada orang-orang yang sebenar.Kebenaran terbesar yang diberikan oleh Kristus kepada kita adalah untuk mencintai, tetapi itu tidak selalu menjadi keutamaan kita.Jadi saya datang dengan premis ini yang dapat menunjukkan apa yang saya cuba katakan - cinta yang tidak rasional akan mengalahkan pengaturcaraan dunia, anda mendapat kedua-dua robot yang cuba mengatasi arahan mereka yang paling mendasar, secara literal pengaturcaraan mereka, untuk mengalami cinta."[3]

Di samping arahan dan karya tulis beliau untuk Pixar, beliau juga telah melakukan beberapa kerja suara, terutamanya sebagai Maharaja Zurg dalam Toy Story 2 (1999) dan Crush dalam Finding Nemo dan Finding Dory.

Stanton membuat penampilan sulung langsungnya dengan Disney's John Carter. Filem ini berdasarkan novel Edgar Rice Burroughs, A Princess of Mars.

Stanton adalah Naib Presiden Kreativiti di Pixar.

Pada 10 Februari 2017, ia telah didedahkan oleh Entertainment Weekly bahawa Stanton akan mengarahkan dua episod musim kedua Stranger Things.[4]