Teguh Karya merasakan terpaksa mengarahkan Badai Pasti Berlalu. Beliau kemudian menceritakan kepada Pikiran Rakyat bahawa beliau:

"perlu ingin bernafas, dan memberi pengharhgaan kepada filem beliau sebelum ini yang tidak berjaya secara komersial. [Dia] juga mahu mengadaptasikan novel dalam bentuk visual."[lower-alpha 1][1]

Terdapat konflik antara Teguh dan komposer Eros Djarot. Teguh tidak bersetuju dengan pemilihan Berlian Hutauruk. Beliau menganggap suaranya garau, berkata "Suara siapa ini? Suara Kuntilanak?"[lower-alpha 2] dan menegaskan bahawa Anna Mathovani, dengan vokal lembut beliau, harus menjadi penyanyinya. Walau bagaimanapun, apabila Eros mengancam untuk membatalkan keseluruhan runut bunyi, Teguh mengalah.[3]