Bahasa Malagasi merupakan satu bahasa yang ada kaitan rapat dengan bahasa Melayu-Polinesia yang merupakan cabang keluarga bahasa Austronesia. Ia mula dikatakan ada hubungan dengan Melayu-Polinesia sejak kurun ke-18. Namun, agak jarang bahasa ini dikait dengan bahasa Afrika. Bahasa ini berkait dengan bahasa-bahasa di Indonesia, Malaysia, Filipina, dan dan lebih rapat dengan Barito Timur yang ditutur di pulau Borneo. Lebih 90%, sebutan bahasa ini ada berkaitan dengan bahasa Maanyan, iaitu bahasa dari kawasan Sungai Barito, di Kalimantan Tengah. Tambahan lagi, pendudukan pertama di Madagaskar berasal dari kawasan Barito, walaupun tidak ada fakta yang tepat tentang pendudukan ini. Kemudiannya, pendatang Indonesia, bercampur-gaul dengan penduduk dari Afrika Timur dan tanah Arab.