Secara rasmi, Baku Metro mempunyai dua jalur, tetapi kerana permasalahan dengan pembukaan bahagian kedua dari Cəfər Cabbarlı, Baku beroparasi sebagai sebuah sistem dengan empat cabang, dengan kereta berjalan dari Həzi Aslanov menuju İçərişəhər dan Əcəmi. Operasi antara Əcəmi dan Nəsimi berjalan sebagai perkhidmatan bolak-balik selama beberapa waktu sehingga pembukaan Azadlıq prospekti pada tahun 2009. Sebagai tambahan, terdapat perkhidmatan yang jarang dilakukan dari Əcəmi, Aslanov dan İçərişəhər yang berhenti di Bakmil dengan selang dua kali setiap jam. Selain itu, terdapat sebahagian daripada laluan kedua yang dikendalikan berasingan, iaitu Cəfər Cabbarlı - Şah İsmail Xətai yang dikendalikan secara bolak-balik dengan menggunakan satu daripada dua jalur yang sedia kerana rendahnya jumlah penumpang.

Kerana kontur bandar yang tidak rata, beberapa stesen terletak sangat dalam, sehinggga boleh digunakan sebagai tempat perlindungan dari perang nuklear, kerana sistem ini dibina pada masa puncak Perang Dingin pada tahun 1950an dan 1960an. Terdapat 7 stesen yang kedudukannya sangat dalam dengan rancangan standard stesen Pilon. Majoriti dari stesen berada di dekat permukaan tanah, dengan satu stesen, Bakmil, berada di permukaan dengan platform perseorangan.

Sama seperti sistem lain di Soviet sebgaian besar stesen dilengkapi dengan dekorasi yang mempertunjukkan motif soviet yang sangat maju dalam bidang seni (Termasuk mozaik, patung, dan relief) dan senibina seperti yang berkembang dan budaya nternasional, yang befokus kepada budaya Azeri dan sejarahnya. Setelah jatuhnya Kesatuan Soviet, beberapa stesen diganti namanya, dan beberapa dekorasinya disesuaikan dengan ideologi baru.

Kereta api

Baku dilayan oleh satu depo rawatan perseorangan, yang terletak di sebelah stesen permukaan Bakmil, dan membawa namayang sama. Pada Januari 2005, sistem mempunyai 228 gerabak, yang membentuk 43 kereta api lima gerabak, dengan selebihnya digunakan untuk tugas khusus. Set yang tertua model ini termasuk jenis Ezh3 dan Em-508, di mana sebahagian besar adalah 81-717/714 dan modifikasinya yang diterima oleh Baku sejak awal tahun 1980an.

Tiket

Pada tahun 2006 pentadbiran metro mula memperkenalkan sistem bayaran baru untuk Baku Metro. Daripada menggunakan sebuah kertas yang digunakan setiap akan menggunakan sistem, Baku Metro mengubahnya dengan menggunakan kad pintar untuk mengakses sistem. Kad ini berharga 2 manat namun diperlukan terlebih dahulu sebelum digunakan. Sistem baru ini menjadi sukses besar segera dan menjadi sangat popular di antara penumpang. kadar untuk sekali menggunakan metro adalah 0,15 manat. Kad boleh digunakan berkali-kali di setiap perhentian, membolehkan seluruh kumpulan menggunakan Baku Metro hanya dengan satu kad. Tidak ada bayaran tambahan untuk pemindahan antara laluan metro.