Balto II: Wolf Quest telah dicalonkan untuk Anugerah Annie[3] pada 2003 untuk "Papan Cerita Cemerlang dalam Terbitan Televisyen Animasi". Anugerah Annie ialah penghormatan yang dianugerahkan dalam animasi sama seperti anugerah yang lain dipersembahkan oleh akademi. Anugerah ini memberikan penghormatan kepada pencapaian tertinggi industri.

Humanitas Prize diterima oleh pelakon layar Balto II, Dev Ross, pada 2002 untuk filem ini dalam kategori Animasi Kanak-kanak.[4] Laman web Humanitas menyatakan bahawa "sebuah cerita Humanitas mencabar kita untuk menggunakan kebebasan untuk berkembang maju, menghadapkan kita dengan tanggungjawab individu kami dan menguji akibat pilihan kita."[5] Pemenang lain untuk Humanitas Prize termasuk A River Runs Through It, Schindler's List, dan WALL-E.