Lima tahun selepas peristiwa-peristiwa siri asal, Ben Tennyson yang berusia 15 tahun menjalankan kehidupan seperti biasa setelah menanggalkan alat Omnitrix dan membesar dari seorang kanak-kanak menjadi remaja yang penuh keyakinan. Sehinggalah kehilangan Atuk Max memanggil Ben, Gwen, dan Kevin yang baru menjalani pemulihan serenti bersatu semula untuk mencari warga emas kesayangan mereka, di samping mendapat pertolongan kawan-kawan baru sambil membanteras ancaman musuh baru iaitu Highbreed.

Setelah keganasan Highbreed berjaya diatasi, Ben, Gwen, dan Kevin tetap meneruskan pengembaraan mencegah ancaman makhluk asing jahat, termasuk musuh-musuh lama seperti Vilgax dan Vulkanus.