Karena bendung akan meningkatkan kadar udara terlarut secara drastis setelah melewati bendung, hal ini dapat menyebabkan gangguan ekologis sungai meski dampaknya hanya bersifat lokal di sekitar bendung saja.
Bendung dapat menyebabkan gangguan pada fauna setempat, seperti ikan salmon yang bermigrasi melewati sungai.
Lompatan hidrolik (hydraulic jump) yang terjadi setelah air melewati bendung dapat menenggelamkan seseorang yang terjebak sehingga berbahaya bagi pelaku olahraga air. Istilah drowning machine digunakan pada pelaku olahraga kano dan kayak terhadap beberapa struktur bendung yang dinilai membahayakan.[6][7]
Bendung dapat menjadi titik di mana sampah dan benda lainnya terkumpul.
