Biologi evolusi, sebagai akademik disiplin yang tersendiri, muncul dalam tempoh sintesis evolusi moden dalam tahun 1930-an dan 1940-an (Smocovitis, 1996). Ia bukan sehingga tahun 1970-an dan 1980-an, bagaimanapun, bahawa sebilangan besar universiti mempunyai jabatan yang khusus termasuk istilah biologi evolusi dalam tajuk mereka, sering bersama-sama dengan ekologi dan tingkah laku. Di Amerika Syarikat, sebagai hasil daripada pertumbuhan pesat biologi molekul dan sel, banyak universiti telah berpecah (atau diagregatkan) jabatan biologi mereka ke jabatan gaya biologi molekul dan sel dan ekologi dan jabatan gaya biologi evolusi (yang sering telah digolongkan jabatan yang lebih tua dalam botani, zoologi dan sebagainya). Subdisiplin daripada paleontologi sering dijumpai di dalam jabatan sains/geologi/geosains bumi.

Mikrobiologi baru-baru ini telah berkembang menjadi satu disiplin evolusi. Ia pada asalnya diabaikan kerana kekurangan ciri-ciri morfologi dan kekurangan konsep spesies dalam bidang mikrobiologi. Kini, para penyelidik evolusi mengambil kesempatan daripada pemahaman fisiologi mikrob yang lebih luas, memudahkan genomik mikrob, dan masa generasi cepat beberapa mikrob untuk menjawab soalan evolusi. ciri-ciri yang sama telah membawa kepada kemajuan dalam evolusi virus, terutamanya bagi bakteriofaj.

Ramai ahli biologi telah menyumbang kepada pemahaman evolusi. Walaupun istilah itu telah digunakan sekali-sekala bermula pada awal abad ini, biologi evolusi dalam erti disiplin mendapat mata wang dalam tempoh "sintesis evolusi" (Smocovitis, 1996). Theodosius Dobzhansky dan E. B. Ford adalah penting dalam penubuhan program penyelidikan empirikal untuk biologi evolusi seperti juga ahli-ahli teori Ronald Fisher, Sewall Wright dan J. S. Haldane. Ernst Mayr, George Gaylord Simpson dan G. Ledyard Stebbins juga penting disiplin pembina semasa sintesis moden, dalam bidang sistematik, paleontologi dan botani, masing-masing. Melalui latihan ramai ahli biologi evolusi masa depan, James Crow,[1] Richard Lewontin,[2] Dan Hartl,[3] Marcus Feldman,[4][5] dan Brian Charlesworth [6] juga telah membuat sumbangan besar untuk membentuk disiplin biologi evolusi.