Pada asalnya dinamakan Bacatá oleh orang-orang Muiscas, ia adalah pusat tamadun mereka sebelum penjelajah Sepanyol menjajah kawasan berkenaan, dan ia menampung satu populasi yang besar. Penempatan orang Eropah ditubuhkan dalam bulan 6 Ogos 1538, oleh Gonzalo Jiménez de Quesada dan diberi nama sebagai "Santafé de Bacatá" sempena tempat kelahirannya Santa Fé dan nama tempatan. "Bacatá" telah menjadi "Bogotá" moden pada masa ia telah dijadikan ibu kota Kerajaan Baru Granada, yang pada ketika itu merupakan sebahagian daripada Wilayah Wizurai Peru, dan kemudian sebahagian daripada Wilayah Wizurai New Granada. Bandar ini kemudian menjadi satu pusat kolonial Sepanyol dan tamadun di Amerika Selatan.

Semasa tahun 1810-11 warganegaranya memberontak terhadap pemerintahan Sepanyol dan menubuhkan sebuah kerajaan mereka sendiri, tetapi perlu menghadapi masalah dalaman dan terpaksa diserahkan kepada tentera Sepanyol yang mengambil alih kuasa memerintah bandar raya daripada tahun 1816 sehingga tahun 1819, apabila Simón Bolívar menakluknya selepas kemenangannya dalam Pertempuran Boyacá. Bogotá kemudiannya dijadikan ibu kota Gran Colombia, satu penggabungan persekutuan wilayah-wilayah moden Panama, Colombia, Venezuela dan Ecuador. Apabila republik itu dibubarkan kepada bahagian-bahagian tertentu, Bogotá dikekalkan menjadi ibu kota New Granada, yang kemudiannya menjadi Republik Colombia. Lihat Sejarah Colombia.

Bendera

Bendera berasal daripada pergerakan pemberontakan menentang pihak berkuasa penjajah, yang bermula pada 20 Julai 1810. Sepanjang pemberontakan ini, pemberontak memakai gelang tangan berwarna kuning dan merah, kerana warna-warna ini merupakan satu-satunya warna dalam Bendera Sepanyol yang merupakan bendera yang digunakan Kerajaan Baru Granada.

Jata

Jata bandar raya Bogota telah dikurniakan oleh maharaja Charles V (Charles I Sepanyol) kepada Kerajaan Baru Granada, secara dekri diraja yang diberi di Valladolid, Sepanyol pada 3 Disember, 1548. Ia mengandungi satu helang hitam di tengah, yang melambangkan ketabahan. Helang merupakan satu simbol keluarga diraja Habsburg, yang merupakan keluarga diraja empayar Sepanyol pada ketika itu. Helang tersebut dimahkotakan dengan makhota emas dan menggengam delima merah berlatar belakang keemasan. Sempadannya mengandungi ranting pohon zaitun dengan sembilan buah delima keemasan dalam satu latarbelakang biru. Dua buah delima merah melambangkan keberanian, mana kala sembilan buah delima keemasan mewakili sembilan buah negeri yang merangkumi Kerajaan Baru Granada pada masa itu.

Pada 1932 jata ini adalah secara rasminya dikenali dan diterima sebagai simbol bandar raya Bogotá.