Beberapa tahun kemudian selepas Perang Ninja Terbesar Keempat, kini menyelia generasi baru dalam Dunia Ninja, Naruto Uzumaki mencapai impiannya untuk menjadi Hokage Ketujuh selepas dia dan Hinata Hyuga mempunyai keluarga mereka sendiri, kedua-dua anak-anak mereka Boruto dan Himawari Uzumaki. Boruto telah menjadi sebahagian daripada pasukan ninja yang diketuai oleh anak didik Naruto Konohamaru Sarutobi, yang juga terdiri daripada anak perempuan Sasuke Uchiha dan Sakura Haruno, Sarada Uchiha dan anak klon Orochimaru, Mitsuki. Berasa bahawa bapanya meletakkan tugas Hokage melebihi keluarganya di samping kecewa bahawa Naruto terlepas hari kelahiran Himawari, Boruto menemui Sasuke yang datang ke kampung untuk memberi amaran kepada Naruto tentang ancaman yang akan berlaku. Boruto berjaya meyakinkan Sasuke untuk mengajarnya Rasengan bapanya untuk Peperiksaan Chunin yang akan datang. Tetapi keperluan Boruto untuk perhatian bapanya mendorong dia untuk menipu menggunakan prototaip peranti Kote yang dicipta oleh Katasuke, lantas mengakibatkan bapanya untuk membatalkan kelayakan Boruto semasa perlawanan dengan Shikadai Nara, anak Shikamaru dan Temari. Naruto dan Boruto bertengkar sebelum Momoshiki dan Kinshiki Ōtsutsuki, orang-orang tengah Sasuke; memberi amaran kepada Naruto berkenaan kemunculan dan penculikan Hokage supaya mereka boleh menggunakan Kurama untuk menghidupkan semula Shinju yang mati dari dimensi yang mereka datang.

Melihat bapanya membahayakan nyawanya untuk melindungi semua orang, Boruto menyedari dia adalah salah tentang Naruto dan meyakinkan Sasuke dan Lima Kage untuk membawanya dengan mereka untuk membetulkan kesalahan dengan bapanya. Mereka tiba dalam dimensi lain dan mencari Naruto ketika pertempuran bermula sebelum Momoshiki bertukar kepada Kinshiki setelah menelan pil chakra untuk meningkatkan kekuatannya, melampaui kuasa semua orang terhadap Katasuke ini. Semasa Sasuke mengalihkan perhatian Momoshiki, Naruto yang lemah meminjamkan baki chakra kepada Boruto supaya anaknya boleh membunuh Momoshiki dengan Rasengan gergasi. Walaupun mati, menyatakan potensi yang belum diterokai pembunuh Momoshiki, Momoshiki hidup cukup lama untuk mengadakan perbincangan peribadi dengan Boruto dan memberi amaran kepadanya bahawa dia tidak lama lagi akan menghadapi banyak kesukaran di kemudian hari dalam hidupnya. Boruto kemudian diturunkan telah mendapat kuasa terkuat kesan mengalahkan Momoshiki. Tanpa mengetahui apa-apa tentang masa depannya, Boruto menerima nasibnya.