Bujumbura berkembang dari sebuah kampung kecil setelah menjadi sebuah pos tentera di Afrika Timur Jerman pada tahun 1889. Selepas Perang Dunia I ia telah dijadikan pusat pentadbiran Liga Bangsa Belgium mandat daripada Ruanda-Urundi. Nama telah ditukar daripada Usumbura ke Bujumbura apabila Burundi mencapai kemerdekaan pada tahun 1962. Sejak merdeka, Bujumbura telah menjadi tempat pertempuran yang kerap antara dua kumpulan etnik utama di negara ini, dengan militia Hutu menentang tentera Burundi yang dikuasai Tutsi. Bujumbura hari ini berdiri sebagai sebuah bandar yang mundur tetapi masih berkembang dengan negaranya.