Sepanjang pembabitan dalam MCA, Chan Kong Choy telah memegang beberapa jawatan penting dalam parti. Pada tahun 1989 beliau dilantik sebagai Timbalan Pengerusi MCA Negeri Pahang sebelum dipilih sebagai Ketua Pemuda MCA Malaysia pada tahun 1990. Selain itu, beliau turut diberi kepercayaan memimpin MCA Negeri Terengganu pada tahun 1991.

Chan Kong Choy dilantik sebagai Timbalan Menteri Kebudayaan, Kesenian dan Pelancongan pada tahun 1990 selepas memenagi kerusi Parlimen Lipis. Pada penggal berikutnya beliau dipilih mewakili Parlimen Selayang dan dilantik sebagai Timbalan Menteri Kewangan selepas Pilihan Raya Umum 1999 sebelum diberikan mandat sebagai menteri penuh setelah dilantik sebagai Menteri Pengangkutan pada bulan Jun 2003.

Kejayaan membantu Barisan Nasional mencapai kemenangan pada Pilihan Raya Umum ke-11 telah membakar semangat Tan Sri Chan Kong Choy untuk berkhidmat kepada rakyat dan negara. Beliau yang merupakan Timbalan Presiden MCA Malaysia, berikrar memikul mandat yang diberi dengan ikhlas dan gigih berpandukan matlamat Wawasan 2020.

Selain itu, beliau juga akan terus berusaha memastikan kesejahteraan dan keharmonian rakyat dan bekerjasama dengan semua pihak bagi mengenal pasti permasalahan rakyat dan mencari jalan penyelesaian untuk mengatasinya. Beliau yang kini merupakan Presiden Persatuan Ping Pong Malaysia merangkap Naib Presiden Kesatuan Ping Pong ASEAN telah mendirikan rumahtangga bersama Puan Sri Lai Yoke Lan dan dikurniakan empat orang cahaya mata.

Beliau amat mengagumi karisma dan ketokohan Tun Abdullah Haji Ahmad Badawi, Tun Dr. Mahathir Mohamad serta mendiang Deng Xiao Peng. Bagi memanfaatkan masa lapang, beliau gemar membaca dan bermain golf.