Watak utama, Maruko, adalah seorang budak yang berumur sembilan tahun, yang berada di darjah tiga. Dia malas, tidak teratur dan selalu lewat ke sekolah. Dia juga kerap bergaduh dengan kakaknya yang bersih dan teratur yang mesti berkongsi biliknya dengan Maruko. Mereka selalu bertengkar untuk perkara yang remeh. Maruko, seperti banyak budak lain, selalu mengelakkan dirinya daripada melakukan kerja sekolah dan kerja rumah, dan telah mengambil kesempatan terhadap datuknya Namun begitu, dia adalah seorang budak yang mudah memahami dan banyak mencuba untuk berbuat baik.

Nama sebenarnya adalah Momoko Sakura (さくらももこ Sakura Momoko), sama seperti nama pena pembuatnya, Miki Miura 三浦 美紀 (yang menggunakan masa kanak-kanaknya sebagai inspirasi). Nama samarannya "Maruko" telah diperoleh daripada marui ("bulat", disebabkan oleh mukanya yang bulat) dan -ko (budak perempuan); dan prifix chibi dan sufix -chan juga boleh diggunakan untuk merujuk kepada anak comel.

Watak-watak yang lain termasuk teman sekelas Maruko dan kawan baiknya Tama-chan. Satu watak yang digemari oleh peminat Chibi Maruko-chan ialah datuk Maruko yang ikhlas tetapi pelupa. Jahil dan mudah ditipu, dia menyimpan seekor kura-kura dan suka menonton televisyen bersama dengan Maruko. Apabila berasa tertekan ataupun nostalgik, secara spontan, dia akan berundur ke dunia maya bersifat dalaman untuk membaikkan haiku yang sedih tetapi lucu tentang mindanya.