Chongzuo adalah salah satu pusat budaya Zhuang yang terawal. Tapak-tapak penting sejak zaman batu telah ditemui di sini. Lukisan Batu Gunung Hua di sepanjang Sungai Ming di Huashan bermula dari 1800 hingga 2500 tahun dan merupakan salah satu kumpulan piktograf terbesar di China dan di dunia. Di beberapa muka tebing terdapat ratusan piktograf merah besar yang menggambarkan pertempuran besar. Pigmen merah masih terang dan terang dan figura individu, senjata, dan haiwan mudah dibezakan. Tebing, sebahagian daripada Gunung Katak yang suci, merupakan tapak penting kepada Zhuang awal.

Pada 214 SM, semasa dinasti Qin, Chongzuo adalah sebahagian daripada komander Xiang (象郡). Jeneral China Feng Zicai menewaskan serangan Perancis di sini pada Pertempuran Bang Bo pada tahun 1885. Sun Yat-sen melepaskan tembakan meriam pertama revolusi anti-Qing di Chongzuo pada tahun 1907. Pada tahun 1930-an, selepas mencetuskan pemberontakan di bahagian lain Guangxi, Deng Xiaoping membantu mengatur para petani dan pekerja di sini semasa pemberontakan Longzhou dan akhirnya membentuk Tentera Ke-8 Tentera Merah. Kemudian, pada tahun 1979, tentera China menyerang Vietnam dari sini.