Pada 29 September 2005, Wong dilantik sebagai Pesuruhjaya Kehakiman di Mahkamah Tinggi Kuching. Beliau telah dinaikkan pangkat ke jawatan Hakim di mahkamah yang sama pada 11 April 2007.

Pada 15 Januari 2009, beliau dipindahkan ke Mahkamah Tinggi Kota Kinabalu.

Pada 8 Januari 2013, beliau dilantik sebagai Hakim di Mahkamah Rayuan Malaysia, mahkamah tertinggi kedua dalam hierarki kehakiman Malaysia. Beliau memegang jawatan ini sehingga 27 April 2018. Beliau kemudian dilantik sebagai Hakim di Mahkamah Persekutuan Malaysia,[5] naik ke mahkamah tertinggi dalam hierarki. Kurang dari dua bulan kemudian, Wong telah diangkat oleh Yang di-Pertuan Agong ke jawatan Ketua Hakim Mahkamah Tinggi Sabah dan Sarawak, menggantikan Richard Malanjum yang dinaikkan ke jawatan Ketua Hakim Negara.[6] Oleh itu, beliau kini menduduki pejabat kehakiman tertinggi keempat di negara ini selepas Ketua Hakim Negara Malaysia, Presiden Mahkamah Rayuan Malaysia dan Ketua Hakim Mahkamah Tinggi Malaya.