Ejen Ali mengisahkan seorang murid sekolah rendah yang tanpa sengaja melibatkan dirinya dalam dunia perisikan. Semuanya bermula apabila Dos seorang ejen jahat yang cuba mencuri sebuah alat berteknologi tinggi yang mampu mengubah dunia iaitu I.R.I.S (Infinity Retinal Intelligence System) yang dicuri daripada pusat latihan M.A.T.A (Meta Advance Tactical Agency). Ketika Dos cuba menyerahkan alat itu kepada rakannya, tanpa dirancang Ali telah mendapatkan bungkusan berisi I.R.I.S. Dos dan Trez cuba mendapatkannya semula tetapi dalam insiden itu, Ali telah mengaktifkan sistem I.R.I.S sehingga hanya dirinya sahaja mampu menggunakan alat tersebut. Oleh sebab, Ali terpaksa menjadi ejen baharu M.A.T.A dan menyelamatkan Bandar Cyberaya daripada sebarang ancaman bahaya. Malah menerusi tugasan baharunya itu nanti, Ali bakal menemui potensi dirinya yang sebenar.[2]