Ejen Ali semakin cergas dengan misinya di MATA. Tetapi, konflik timbul apabila Ali tahu bukan lagi dia seorang sahaja yang mampu menguasai IRIS. Kini MATA telah menaiktarafkan IRIS kepada IRIS NEO yang akan dijadikan peranti asas bagi semua ejen. Ini membuatkan Ali persoalkan kegunaannya di MATA. Ketika ini, seorang individu bernama Niki mendekati Ali dan mendakwa dia tahu sebab kehilangan ibunya. Sekarang, Ejen Ali perlu lakukan misi aksi dan merungkai misteri ini yang mengancam bandar Cyberaya, serta pertaruhkan kesetiaan kepada MATA sebelum terlewat.