Majlis Tertinggi mengandungi pemerintah-pemerintah dari tujuh negeri. Jawatan Presiden dan Naib Presiden dilantik oleh Majlis Tertinggi setiap lima tahun. Majlis Tertinggi juga melantik barisan kabinet sementara Majlis Persekutuan Kebangsaan yang mempunyai ahli seramai 40 orang dari ketujuh-tujuh negeri meneliti dan membincangkan undang-undang yang dicadangkan. Terdapatnya satu sistem mahkamah persekutuan; kesemua negeri kecuali Dubai dan Ras al-Khaimah telah menyertai sistem persekutuan ini; kesemua negeri mempunyai undang-undang sekular dan Islam untuk kes-kes sivil, jenayah, dan mahkamah tinggi.

Sheikh Zayed bin Sultan Al Nahyan merupakan Presiden kesatuan ini daripada penubuhan negara ini sehinggalah hari kematiannya pada 2 November 2004. Anak lelakinya, Khalifa bin Zayed Al Nahayan dilantik menjadi presiden keesokkan harinya.