Dari segi ekonomi, kegiatan utama penduduk di Endau adalah perikanan dan pertanian. Sebagai pelabuhan utama perikanan di Pantai Timur, kegiatan perikanan amat penting. Kebanyakan hasil tangkapan laut dijual ke Singapura dan seluruh negeri Johor.

Pertanian adalah merupakan aktiviti penting di Endau. Terdapat kawasan sawah padi yang luas di "Sawah Labong" yang terletak di sepanjang petempatan di Kampung Semaloi, Bukit Pasir dan Labong dengan keluasan kira-kira 6,000 ekar. Penanaman padi cara moden telah lama dilakukan di sini semenjak awal kemerdekaan negara di mana penggunaan jentera moden sepenuhnya telah digunakan semenjak tahun 1960 lagi. Sawah padi ini mendapat bekalan air secara terkawal dan sistematik dari empangan di Tasik Labong yang juga menjadi sumber bekalan air bersih kepada penduduk di sekitar Endau.

Getah dan kelapa sawit juga diusahakan di sini di mana kebanyakannya meliputi kawasan felda dan felcra. Felda Endau yang merupakan petempatan felda tertua di Malaysia mengusahakan tanaman getah dan kelapa sawit.