Daripada penubuhan kelab pada tahun 1995 sehingga 2004, mereka telah bermain di dalam pelbagai pertandingan kebangsaan. Pada tahun 2004 mereka telah dinaikkan kepada Divisyen kedua Slovak, dan kemudian di dalam musim 2006/07 mereka telah dinaikkan kepada Liga Corgoň, dan telah memenangi Piala Slovak, menewaskan FC Senec 4–0. Ini memastikan mereka mendapat tempat di dalam pusingan kelayakan pertama Piala UEFA Cup 2007-08.

Zlaté Moravce telah bermain di dalam perlawanan Eropah mereka yang pertama pada 19 Julai 2007 didalam Piala UEFA Cup di halaman mereka menentang FC Almaty, memenangi 3–1.[1] Pada 2 Ogos 2007, mereka mengikat kedudukan Almaty 1–1, telah melayakkan mereka ke pusingan kelayakan kedua.[2]