Kapal "Flor de la mar" telah dibina di Lisbon pada tahun 1502, ia merupakan kapal terbaik yang pernah dibuat pada ketika itu. Ia dibina bertujuan untuk menjajahi India Portugis. Berat mencapai 400 tan, merupakan karak terbesar yang pernah dibina, hampir dua kali saiz kapal besar yang pernah dibina didunia sebelumnya.

Kapal ini telah mengambil tanggungjawab bagi membawa pelayaran dari Portugis ke India dalam tahun 1502, dibawah arahan kapten Estevão da Gama, saudara/sepupu/abang Vasco da Gama. Walaubagaimanapun, pelayaran balik dalam tahun 1503 telah mengalami komplikasi - apabila rempah ratus dimuatkan, berat tubuhnya dan saiznya yang besar membuatkan ia sukar untuk belayar, kesusahan ini jelas kelihatan apabila melalui Terusan Mozambique yang mempunyai arus yang deras (diyakini terletak disekitar Tanjung Correntes). Saksi yang melihat perkara tersebut Thomé Lopes melaporkan terdapat kebocoran pada kapal dan terpaksa diberhentikan untuk diperbaiki berdekatan Pulau Mozambique untuk sekurang-kurangnya 2 bulan.

Pada Mac 1505, Flor de la mar kembali belayar dibawah arahan kapten João da Nova, yakni dibawah misi Armada India Portugis ke-7 (Almeida, 1505), disamping pelayaran bersama 22 kapal yang lain, yang membawa D. Francisco de Almeida sebagai wizurai pertama India Portugis. Dalam perjalanan pulang pada tahun 1506, Flor de la mar sekali lagi mengalami kerumitan di Terusan Mozambique. Sekali lagi kebocoran berlaku, maka ia terpaksa dihantar kembali ke dok di Pulau Mozambique untuk kerja-kerja pembaikian yang panjang. Kapal ini terpaksa didokkan di terusan untuk lebih kurang 10 bulan. Nova cuba membawanya keluar berkali-kali, tetapi kapal ini terus berada di dalam masalah, memaksa beliau untuk kembali ke pulau, pembaikan dan cuba lagi.

Flor de la Mar dan kaptennya Nova yang dalam kekecewaan akibat tersangkutnya di Mozambique telah menemui kejayaan dalam pembaikian kapal pada Februari 1507 - hampir setahun selepas Flor de la mar meninggalkan India - dengan bantuan misi Armada India Portugis ke-8 (Cunha, 1506) dibawah arahan kapten Tristão da Cunha. Anak kapal Cunha telah membantu mempercepatkan pembaikian kapal supaya dapat segera belayar ke laut dengan baik, kemudiannya beliau mengarahkan bahan muatan rempah-ratus dalam ruangan kargo kapal Flor de la Mar untuk dipindahkan ke pengangkutan Portugis yang lain, dan seterusnya merampas Flor de la Mar yang kosong itu ke India. Dari saat itu flor de la mar tidak pernah kembali ke Portugal lagi.

Kapten Flor de la Mar iaitu João da Nova sebagai tanda persahabatan, penghargaan dan bagi meneruskan tradisi penjajahan ke timur telah menyertai operasi kapten Cunha bagi menawan Socotra. Selepas itu, Nova telah dikejutkan, bahawa Flor de la mar diperintahkan untuk kekal di Laut Arab, bekerjasama dengan skuadron peronda yang diketuai oleh Afonso de Albuquerque. Maka atas arahan tersebut, Nova dan Flor de la mar telahmenyertai misi penawanan yang diketuai oleh Albuquerque dibeberapa bandar utama iaitu Curiati (Kuryat), Muscat pada Julai 1507, Khor Fakkan, (juga menerima penyerahan bandar Kalhat dan Sohar) serta Ormuz pada tahun yang sama. 2 tahun kemudian di India, Flor de la mar telah diarahkan untuk menyertai misi bendera D. Francisco de Almeida dalam Pertempuran Diu.

Dalam tahun 1510, dibawah arahan Afonso de Albuquerque, Flor de la mar diaruh kepercayaan untuk memberi bantuan dalam penawanan Goa, dan seterusnya diperlukan bagi menawan Melaka pada tahun 1511.

Flor de la Mar telah sekian lama terkenal atas misi dan peranannya. Dalam tempoh sekitar 3 hingga 4 tahun selepas kapal ekspedisi India ini dibina ia sudah cukup terkenal. Flor de la mar merupakan kapal misi ke India yang tahan paling lama pernah dibina. Walaubagaimanapun, tugasnya sebagai kapal kargo telah banyak meninggalkan kesan yang mendalam. Ia merupakan kapal yang bahaya sekiranya muatan dimasukkan secara penuh, ia merupakan kapal Portugis yang berjaya melengkapkan misi penjajahan ke India dengan sekali tanpa apa-apa masalah selepas membatalkan pelayaran balik ke Portugis selepas tahun 1507.