Fruits Basket mengikuti kisah hidup seorang pelajar sekolah menengah, Tohru Honda, yang baru menjadi yatim piatu setelah kematian ibunya, Kyoko Honda, dalam kemalangan lalu lintas, (bapanya, Katsuya Honda, diragut nyawanya oleh pneumonia sejurus selepas Tohru lahir). Selepas itu, Tohru tinggal bersama datuknya, tetapi apabila pengubahsuaian diperlukan di rumah datuknya itu, Tohru terpaksa berumahkan khemah dalam hutan dan diupah sebagai tukang pembersih untuk menyara dirinya. Sungguhpun banyak keperitan yang dilaluinya, Tohru tetap optimis dalam hidupnya.Suatu hari, Tohru terserempak dengan sebuah rumah dalam hutan di mana dia berdiam sementara waktu. Rumah itulah tempat tinggal Shigure Sohma and Yuki Sohma, ahli keluarga Sohma yang penuh misteri. Setelah ahli keluarga Sohma mendapati Tohru sedang tinggal dalam khemah, mereka amat terperanjat dengan kekuatan batinnya. Keseluruhan kawasan sekitar rumah itu ialah hak milik Sohma, dan Tohru merayu agar dapat tinggal dalam khemahnya yang kecil (digelar "istana") dalam lingkungan kawasan hartanah Sohma. Orang-orang Sohma itu bersimpati dengannya, serta terdesak untuk menamatkan keadaan rumah mereka yang kotor sejak sekian lama ini, lalu menawarkannya sebuah bilik kosong dengan syarat memasak dan membuat kerja rumah bagi mereka. Apabila khemahnya serta foto ibunya dan pakaian sekolahnya di dalam khemah tersebut terjerlus dalam satu runtuhan tanah pada malam itu, Tohru terpaksa menerima tawaran Sohma.

Tidak lama kemudian, Tohru menemui rahsia keluarga Sohma, dan sebab mengapa Yuki suka berahsia: 13 orang ahli keluarga itu dirasuk oleh 12 roh haiwan Zodiak Cina serta roh kucing yang tersisih daripada zodiak itu menurut legenda. Mereka bertukar bentuk menjadi haiwan jika dipeluk oleh pihak berjantina lain, atau jika mengalami tekanan besar. Setelah berjanji untuk menyimpan rahsia mereka, ahli keluarga Sohma membenarkan Tohru untuk menyimpan memorinya dan bukan memadamkan memori itu secara hipnosis seperti yang lazim dilakukan terhadap orang lain bukan berketurunan Sohma yang mengetahui rahsia itu

Kisah ini mengikuti kehidupan Tohru dan keluarga Sohma yang menangani adanya satu sama lain dan latar masyarakat yang tidak dapat ditembusi mereka, serta juga Akito Sohma, ketua keluarga Sohma yang digeruni.