Glass Rose berkisar di sebuah rumah besar di Jepun yang terpencil pada 1929. Pemain ini memegang peranan sebagai wartawan amatur bernama Takashi Kagetani. Semasa menjelajahi rumah besar yang ditinggalkan bersama rakannya Emi pada 2003, dia dikejutkan oleh kekuatan ghaib dan terjaga pada 70 tahun di masa lampau, di mana rumah besar itu telah dikembalikan ke era kegemilangannya. Untuk kembali ke waktunya sendiri, Takashi terpaksa menjelajah rumah besar itu dan berinteraksi dengan penghuni-penghuninya yang terdiri dari keluarga Yoshinodou.

Takashi juga mendapati bahawa masa melengkung telah memberinya sebuah kemampuan untuk sekilas melihat ke dalam minda seseorang ketika bercakap dengan mereka. Dengan menggunakan kemampuan ini, dia dapat menyelidiki beberapa siri pembunuhan di kalangan isi rumah Yoshinodou.