Pada bulan Julai 2011, Pengkaji kura-kura mencadangkan pengasingan dua spesies dari Sonoran dan Mojave berdasarakan kajian DNA.[6] Sehingga kini, enam spesies telah disahkan dalam genus Gopherus:

Susunan berdasarkan nama binomial.[7]

• Gopherus agassizii (Cooper, 1863) — Mojave desert tortoise atau Agassiz's desert tortoise
• Gopherus berlandieri (Agassiz, 1857) — Texas tortoise
• Gopherus evgoodei (Edwards et al., 2016)[8] — Sinaloan desert tortoise atau Goode's desert tortoise
• Gopherus flavomarginatus (Legler, 1959) — Bolson tortoise
• Gopherus morafkai (Murphy et al., 2011)[6] — Sonoran desert tortoise atau Morafka’s desert tortoise
• Gopherus polyphemus (Daudin, 1802) — Gopher tortoise

Spesies Gopherus yang pupus pada era akhir Pleistocene:

• Gopherus donlaloi (Reynoso and Montellano-Ballesteros, 2004)[9][10][11]