Lee telah dilantik sebagai Panglima Perintah Kerajaan British (CBE) pada tahun 1948 oleh Raja George VI dan Panglima Kesatria Perintah Kerajaan British (KBE) pada tahun 1957 oleh Ratu Elizabeth II sebagai pengiktirafan perkhidmatannya kepada kerajaan penjajah British.[7]

Pada tahun 1959, Lee dianugerahi Seri Maharaja Mangku Negara, yang membawa gelaran "Tun", atas sumbangannya yang signifikan terhadap perjuangan kemerdekaan Tanah Melayu dan pembinaan negara. Beliau adalah penerima ke-10 anugerah itu.[7]

Jalan Bandar, yang pada asalnya dikenali sebagai High Street, telah dinamakan semula Jalan Tun H.S. Lee di dalam penghormatannya pada November 1988.[5]

Pengiktirafan Tanah Melayu

•  Malaysia :
  • Seri Maharaja Mangku Negara (SMN) - Tun[14]

Pengiktirafan Antarabangsa

•  United Kingdom
  • Panglima Darjah Yang Paling Cemerlang Empayar British (KBE) - Sir
  • Johan Darjah Yang Paling Cemerlang Empayar British (CBE)