Pada 1963, Harris Salleh meletakkan jawatan sebagai kerani di Pejabat Peguam untuk bertanding dalam pilihan raya di Tanjung Aru, Sabah. Beliau menyertai parti USNO yang baru dibentuk dan dilantik sebagai setiausaha parti. Dalam kabinet pertama Tun Fuad, beliau dilantik sebagai Menteri Kerajaan Tempatan menggantikan Tun Mustapha yang dilantik sebagai Yang di-Pertua Negeri Sabah pertama.

Pada 1964,namanya dicalonkan menjadi Menteri Persekutuan di Kuala Lumpur. Menteri Penerangan Malaysia , Mohamed Khir Johari setuju dengan kewibawaan Harris yang merupakan Menteri Kerajaan Tempatan Sabah.[3]

Pada 1964 juga menyaksikan rombakan kabinet Sabah . Mr Peter Lo Sui Yin (Ketua Menteri Sabah); Dato G.S Sundang (Timbalan Ketua Menteri Sabah) ; Harris Salleh (Menteri Kewangan) ; Dato Khoo Siak Chiew (Menteri Perhubungan dan Kerja Raya) l Dato Pang Tet Tshung (Menteri Kerajaan Tempatan) ; Thomas Jayasuriya (Menteri Kesihatan) ; Dato Mohamed Yassin Hashim (Menteri Kebajikan Masyarakat) dan Mohamad Said Keruak (Menteri Pertanian dan Perikanan) .[4]

Selepas kemenangan USNO dalam Pilihan raya negeri Sabah 1967, beliau dilantik sebagai Menteri Kewangan dalam kabinet pertama Tun Mustapha. Bagaimanapun beliau berbeza pandangan . Beliau kembali menyertai kabinet sebagai Menteri Pembangunan Perindustrian Sabah selepas pakatan USNO menang dalam Pilihan raya negeri Sabah 1971.

Pada 1967, Harris Salleh membantah cadangan Menteri kewangan Malaysia , Tun Tan Siew Sin berhubung penstrukturan semula cukai pembalakan . Cukai ini sangat menyentuh Dasar Sabah menyertai Malaysia. Cukai itu boleh membunuh industri perkayuan Sabah . Royalti kayu kayan Sabah sangat penting untuk pembangunan negeri Sabah. [5]

Pada 1969, Harris Salleh pernah dilantik menjadi Menteri Kewangan Sabah di bawah kepimpinan Ketua Menteri Sabah , Tun Datu Mustapha Harun. Ketika itu beliau adalah Timbalan Presiden USNO dan Barisan Nasional Sabah. [6]

Pada 1973 , Harris tidak setuju dengan kepimpinan diktator Datu Mustapha di Sabah dan melepaskan jawatan menteri kabinet Sabah. Beliau menubuhkan parti berbilang kaum 'Berjaya' bagi menjatuhkan Mustapha dari tampuk kuasa. Harris menjadi Presiden Berjaya yang pertama pada bulan Julai 1973. Parti Berjaya kemudian disertai oleh Tun Fuad yang meletak jawatan sebagai Yang di-Pertua Negara.