Pada tahun 1978, Suharto melantik B. J. Habibie, 42 tahun sebagai Menteri Penyelidikan dan Teknologi di kabinet ketiga. Sebagai isteri anggota kabinet, Ainun menyertai organisasi Dharma Wanita di bawah kepimpinan Wanita Pertama Siti Hartinah. Ainun mengetuai Dharma Wanita kementerian suaminya dan menyatukan organisasi bukan jabatan dengan Madame Soedharmono, isteri Soedharmono, Setiausaha Negara. Pada 26 April 1978, Wanita Pertama Tien Soeharto, Wanita Kedua Nelly Adam Malik, dan Puan Soehartati Oemar Senoadji mengasaskan Yayasan Karya Bhakti RIA Pembangunan atau YKBRP, yang mana organisasinya dari 1998 hingga 1999, Ainun menjadi pengerusi dan sehingga kematiannya, beliau masih tetap menjadi ketua. Ainun adalah ketua PPMTI dari tahun 2000 hingga kematiannya pada tahun 2010.

Wanita Indonesia Kedua (1998)

Pada tahun 1996, Wanita Pertama Siti Hartinah meninggal dunia dan anak sulungnya Tutut dilantik untuk menggantikannya sebagai wanita pertama.

Pada tahun 1998, Suharto melantik Habibie sebagai pasangannya pada 1998 dan parlimen memilih mereka sebagai presiden dan naib presiden. Ainun kemudiannya menjadi Wanita Kedua dan ketua Dharma Wanita (yang dipegang oleh Wanita Pertama, tetapi tidak ada Ibu Negara pada masa itu, kerana Wanita Pertama Siti Hartinah telah meninggal dunia). Beliau kemudiannya menjadi pemimpin rasminya pada bulan Mei 1998.

Wanita Pertama (1998-99)

Suharto berada dalam lawatan kenegaraan ke Kaherah ketika para demonstran memecah bangunan pejabat Dewan Perwakilan. Suharto dengan cepat kembali ke Indonesia dan meletakkan jawatan sebagai presiden, memberikannya kepada Habibie. Jadi Ainun menjadi Wanita Pertama. Ainun menjadi pengerusi semua pertubuhan wanita pertama termasuk Dharma Wanita dan YKBRP. Pada tahun 1999, parlimen menolak ucapan tanggungjawab presiden Habibie dan memilih Abdurrahman Wahid sebagai presiden yang akan datang.