Hidrogen membentuk tiga isotop, protium, deuterium, dan tritium yang mengandungi sifar, satu, dan dua neutron masing-masing. Beberapa isotop hidrogen yang tidak stabil pernah dihasilkan dalam makmal, tetapi tidak wujud dalam persekitaran, yakni isotop 4H ke 7H.[17][18]

Isotop-isotop hidrogen merupakan satu-satunya kumpulan isotop yang diberikan nama khusus yang masih digunakan ada masa kini.