Mengikut sejarah, kaedah ini telah lama digunakan sejak kurun ke-16 Masihi. Taman Tergantung Babylon dipercayai telah menggunakan hidroponik ini sebagai satu kaedah penanaman tanaman. Pada tahun 1937, W.F. Gericke dari Pusat Penyelidikan Pertanian California, Amerika Syarikat telah memperkenalkan kaedah ini secara komersil. Sejak itu sistem hidroponik ini diperkembang dan diperkemaskan dengan pelbagai teknik yang direka khas sesuai untuk tujuan komersil.