Farooq menjadi pengasas Persatuan Mahasiswa Mohajir Pakistan (APMSO) di Universiti Karachi sebelum menjadi parti politik MQM yang ditubuhkan oleh Altaf Hussain pada 1984. Sekitar 1968-1969 pergerakan mahasiswa bangkit menentang pemerintahan diktator Ayob Khan . Farooq menjadi setiausaha agung. Pada 1972, rusuhan bahasa berlaku di mana parti ini menyokong penduduk berbahasa Urdu terutama di Karachi dan lain-lain bandar Sindh. Mereka menuntut Presiden Pakistan Zulfiqar Ali Bhutto menjadikan bahasa Urdu sebagai mata pelajaran wajib. [1]

Pada 1988 beliau bertanding dalam pilihan raya dan menang di Mna, Karachi. MQM adalah parti ke-4 terbesar di Pakistan. Altaf Hussain bekerja sebagai pemandu teksi di London.

Mohajir bermaksud mereka yang melarikan diri dari India selepas petisyen 1947 yang memisahkan India dengan Pakistan.

Pada 1992, tentera Pakistan dikerah ke Karachi bertindak terhadap MQM. Ramai pemimpin MQM lari bersembunyi termasuk Altaf Hussain. Mereka bergerak melalui bawah tanah, secara rahsia . Pada 1997,Gerakan Muhajir Qaumi Muttahida menjadi Gerakan sahaja . Beliau lari ke London pada 1999 menggunakan pasport palsu dan identiti dan memohon suaka politik. Kerajaan Pakistan menuduh beliau terlibat dalam lima tuduhan pembunuhan dan empat cubaan membunuh. Beliau menafikan pembabitan beliau dan menganggapnya sebagai tuduhan politik. Selama 7 tahun dia bersembunyi di Karachi.

Ketika berada di London, beliau lebih banyak bersembunyi dan menjauhkan diri daripada MQM. Beliau berkahwin pada 2004 di London.

Sumber menyatakan beliau mungkin terlibat dengan pemerasan, penyeludupan senjata dan kejahatan rangkaian Afrika Selatan. Kerajaan Pakistan menerima tekanan politik selepas berlaku banjir dahsyat di 1/5 wilayah Pakistan.[2]