Institut Alam dan Tamadun Melayu bermula sebagai Institut Bahasa, Kesusasteraan, dan Kebudayaan Melayu (IBKKM) pada 1 Disember 1972 di Universiti Kebangsaan Malaysia. IBKKM mula menawar program pengajian pascasiswazah termasuk Sarjana Persuratan dan Doktor Falsafah serta penyelidikan dalam bahasa, kesusasteraan dan kebudayaan Melayu. Institut ini turut menjadi pusat rujukan dalam bidang ini.

Pada 1992, IKKBM ditukar kepada ATMA dan sejajar dengan itu meluaskan bidang kajiannya kepada alam dan tamadun Melayu. Semenjak penubuhan, institut ini berpandu konsep takrifan luas bidang alam dan tamadun Melayu yang mencakupi falsafah, pemikiran, kepercayaan, budaya material, identiti dan semua aspek kehidupan dalam kosmologi Melayu. Sempadan konsep alam Melayu diluaskan lagi melangkaui landskap tanah, samudera dan angkasa.