Marzuki telah disifatkan sebagai "seorang yang mempunyai naluri yang baik untuk muzik",[4] dan juga sebagai "genius"[7] dan "legenda".[8]

Sebilangan besar lagu Marzuki ini telah diterbitkan semula dan dikeluarkan dalam genre yang berbeza, termasuk muzik pop dan keroncong,[9] seperti "Kr. Pasar Gambir dan Stambul Anak Jampang" yang telah dinyanyikan semula oleh Chrisye pada album Dekade dengan susunan oleh Erwin Gutawa.[10] Beberapa lagu-lagu beliau, termasuk "Gugur Bunga", "Melati di Tapal Batas", "Selendang Sutra", "Pahlawan Muda", "Rayuan Pulau Kelapa", dan "Masa Malam", dianggap wajib dan diajar di sekolah-sekolah.[11]

Pada 17 Ogos 1961 Marzuki menerima anugerah Wijaya Kusuma pertama daripada Presiden Suharto.[4] Beliau telah diberi penghormatan selepas kematiannya pada tahun 1968 dengan pembukaan Taman Ismail Marzuki, pusat kebudayaan dan taman di tengah Jakarta.[12] Beliau telah diiktiraf sebagai Pahlawan Nasional Indonesia pada November 2004 oleh pengisytiharan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.[13]