Isomerase ("enzim isomer") ialah kelas umum enzim yang menukarkan molekul daripada satu isomer kepada isomer lain. Isomerase memudahkan penyusunan semula intramolekul, di mana ikatan dipecahkan dan dihasilkan. Bentuk umum tindak balas sedemikian adalah seperti berikut:A–B → B–AHanya terdapat satu substrat yang menghasilkan satu produk. Produk ini mempunyai formula molekul yang sama dengan substrat, tetapi berbeza dalam ketersambungan ikatan atau susunan tiga dimensi. Isomerase memangkinkan tindak balas merentasi banyak proses biologi, seperti dalam glikolisis dan metabolisme karbohidrat.