Isomerases memangkinkan proses perubahan satu molekul.[1] Ia menukar satu isomer kepada yang lain, dan bermakna produk akhir mempunyai formula molekul yang sama, tetapi struktur fizikal yang berbeza. Isomer sendiri wujud dalam pelbagai jenis, tetapi secara amnya boleh dikelaskan sebagai isomer struktur atau stereoisomer. Isomer struktur mempunyai susunan ikatan yang berbeza dan/atau ketersambungan ikatan yang berbeza antara satu sama lain, seperti dalam kes heksana dan empat bentuk isomernya yang lain (2-metilpentana, 3-metilpentana, 2,2-dimetilbutana, dan 2,3-dimetilbutana).

Stereoisomer mempunyai susunan ikatan individu yang sama dan ketersambungan yang sama tetapi susunan tiga dimensi atom terikat berbeza. Contohnya, 2-butena wujud dalam dua bentuk isomer: cis-2-butena dan trans-2-butena.[2] Subkategori isomerase yang mengandungi rasem, epimerase dan isomer cis-trans ialah contoh enzim yang memangkinkan pertukaran stereoisomer. Liase intramolekul, oksidoreduktase dan transferase memangkinkan penukaran antara isomer struktur.