Fungsi utama JAS adalah untuk mencegah, menghapus, mengawal pencemaran dan memperbaiki alam sekeliling, selaras dengan maksud Akta Kualiti Alam Sekeliling 1974 dan peraturan-peraturan di bawahnya.  JAS juga bertanggungjawab untuk melaksanakan resolusi yang diputuskan melalui konvensyen-konvensyen mengenai alam sekitar peringkat antarabangsa seperti Vienna Convention for the protection of the Ozone Layer1985, Protocol Montreal on Substances that Deplete the Ozone Layer 1987, Basel Convention on the Transboundary Movement of Hazardous Waste and their Disposal 1989 dan lain-lain di samping menjayakan program-program kerjasama dua hala dan pelbagai hala di antara Indonesia, Singapura dan Negara-negara ASEAN lain mengenai pengurusan alam sekitar. Perkhidmatan teras Jabatan dilaksanakan oleh bahagian-bahagian di Ibu Pejabat dan pejabat-pejabat JAS Negeri dan Cawangan.