1939 - 1962 - Penubuhan Jabatan Orang Asli (JOA)

Sejarah awal penubuhan pentadbiran masyarakat Orang Asli bermula di Negeri Perak apabila kerajaan Negeri menguatkuasakan enakmen ‘Perak Aboriginal Tribes Enactment' No.3, Disember 1939 dengan melantik seorang ‘Field Etnographer' yang bertindak sebagai ‘Protector of Aborigines'. Enakmen ini adalah merupakan yang pertama sepertinya ditubuhkan untuk melindungi kepentingan masyarakat Orang Asli.

Pada tahun 1949, satu jawatan Persekutuan iaitu 'Welfare Officer Aborigines' telah diwujudkan bagi mentadbir Pejabat Kebajikan Orang Asli yang ketika itu hanyalah merupakan satu seksyen di bawah Jabatan Kebajikan Masyarakat. Jawatan ini kemudiannya ditukarkan gelarannya kepada 'Protector of Aborigines' atau Penasihat bagi Orang Asli dan dipertanggung jawabkan untuk melapor kepada Ketua Setiausaha dan Setiausaha Kerajaan Negeri, yang kemudiannya bertanggung jawab melapor kepada Pesuruhjaya Tinggi Persekutuan Tanah Melayu.

Dengan pengenalan Sistem Ahli pada tahun 1951, Pejabat Orang Asli diwujudkan secara berasingan dari Jabatan Kebajikan Masyarakat dan diletakkan di bawah portfolio Ahli bagi Hal Ehwal Dalam Negeri. Di peringkat persekutuan, Pejabat Orang Asli mempunyai kekuatan anggota seramai 11 orang kakitangan dan seorang 'Protector' di Pahang dan beberapa 'Protector' sambilan di Perak dan Kelantan. Ini adalah sebahagian daripada usaha kerajaan untuk menubuhkan satu agensi pusat khusus untuk masyarakat Orang Asli.

Pada tahun 1953, satu polisi baru diperkenalkan oleh kerajaan untuk menyalurkan urusan-urusan pentadbiran dan perlindungan kepada Orang-orang Asli di pedalaman dan tidak lagi berusaha membawa mereka keluar dari kawasan pedalaman tempat tinggal mereka. Berikutan itu Pejabat Kebajikan Orang Asli mula diperbesarkan.

Dengan pengenalan undang-undang baru, "Aboriginal Peoples" Ordinance No. 3, 1954 (Akta 134) yang dibentuk bagi melindungi Orang Asli dan cara hidup mereka dari kepesatan perkembangan tamadun dan eksplotasi, di samping menyediakan kemudahan-kemudahan untuk pendidikan dan pembangunan yang sesuai bagi mereka maka dengan rasminya Jabatan Orang Asli (JOA) tertubuh di Malaysia.

Selepas pilihanraya umum pada tahun 1955, Sistem Kementerian diperkenalkan bagi mengantikan Sistem Ahli, Jabatan Orang Asli telah diletakkan di bawah Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri. Pada Disember 1956, Jabatan Orang Asli ditukar menjadi Jabatan Muzium, Arkib dan Penyelidikan Orang Asli yang diletakkan di bawah Kementerian Pelajaran. Gelaran Ketua Jabatan juga ditukar daripada Penasihat bagi Orang Asli kepada Pengarah Muzium dan Penasihat Orang Asli. Pada tahun 1957, terdapat 'Protectors' dan 'Penolong Protector' di semua negeri-negeri Tanah Melayu kecuali Pulau Pinang, Melaka, Kedah, Perlis dan Terengganu. Pada Ogos 1959, Jabatan Orang Asli diletakkan semula di bawah bidang kuasa Kementerian Dalam Negeri.

Hanya pada tahun 1961, kerajaan mengisytiharkan satu dasar pentadbiran bagi pemodenan masyarakat Orang Asli. Matlamat dasar tersebut adalah untuk mengintegrasikan masyarakat Orang Asli dengan masyarakat kebangsaan. Bagi mencapai dasar ini, Jabatan Orang Asli mula merancang dan melaksanakan program-program pembangunan sosio-ekonomi supaya masyarakat Orang Asli tidak terpinggir di dalam arus pembangunan negara.

1963 - 2010 - Jabatan Hal Ehwal Orang Asli (JHEOA)

Pada tahun 1963, selari dengan penubuhan Malaysia. Jabatan Orang Asli telah dijenamakan semula kepada Jabatan Hal Ehwal Orang Asli (JHEOA). Pada 16 Mei, 1964 kawalan ke atas jabatan ini diambil oleh Kementerian Tanah dan Galian. Ketua Jabatan ketika itu memegang gelaran Pesuruhjaya Hal Ehwal Orang Asli.

Rombakan kabinet pada 23 September 1970 sekali lagi menyaksikan Jabatan Hal Ehwal Orang Asli dipindahkan di bawah pentadbiran Kementerian Pertanian dan Tanah. Perubahan kabinet pada 21 Disember 1971 pula telah memindahkan JHEOA di bawah Kementerian Pembangunan Negara dan Luar Bandar dan di tadbir oleh Ketua Pengarah yang dibantu oleh enam Pengarah di peringkat negeri. Jabatan ini bertanggungjawab bagi pentadbiran, kemajuan dan kebajikan Orang-orang Asli di Malaysia Barat, khususnya di negeri-negeri yang mempunyai sejumlah besar Orang Asli.

Pada tahun 1974, keutamaan diberikan kepada usaha-usaha membangun sosio-ekonomi dan taraf hidup Orang Asli di samping menyatupadukan mereka dengan masyarakat lain di negara ini. Pada 5 september, 1974, dengan penyusunan kabinet selepas pilihanraya, Jabatan Hal Ehwal Orang Asli diletakkan semula di bawah Kementerian Dalam Negeri. Tanggal 27 Oktober 1990, Jabatan ini dipindahkan semula ke bawah Kementerian Perpaduan Negara dan Pembangunan Masyarakat dan mulai 1 Januari 1994, Jabatan ini telah dipindahkan dibawah kawalan Kementerian Pembangunan Luar Bandar. Selaras dengan penyusunan semula Kementerian-Kementerian pada tahun 1995, Jabatan ini telah dipindahkan ke Kementerian Perpaduan Negara dan Pembangunan Masyarakat. Bermula tahun 2001, Jabatan ini telah bernaung di bawah Kementerian Kemajuan Luar Bandar Dan Wilayah (KKLW).

2011 - Kini - Jabatan Kemajuan Orang Asli (JAKOA)

Selepas 47 tahun pemakaian nama Jabatan Hal Ehwal Orang Asli, ketika pembentangan Bajet 2011 di Parlimen pada 15 Oktober 2010, YAB Dato' Sri Mohd Najib bin Tun Abdul Razak, Perdana Menteri Malaysia telah mengumumkan pertukaran namanya kepada Jabatan Kemajuan Orang Asli (JAKOA).