Karier politik Y.B. Tan Sri Dr. Jamaluddin Jarjis dalam UMNO bermula di Cawangan Kampung Mengkasar, Pekan. Sepanjang penglibatannya, beliau dipilih sebagai Ketua Pemuda Bahagian Pekan pada tahun 1983 dan Timbalan Ketua Bahagian Rompin selain diberi kepercayaan sebagai Ahli Majlis Tertinggi UMNO serta Timbalan Pengurusi Badan Perhubungan UMNO Negeri Pahang.

Terpilih menjadi Presiden Kelab Penyokong Kerajaan pada 1999, Pembantu Whip Barisan Nasional bagi Parlimen ke-10 dan Pengerusi Jawatankuasa Kira-Kira Wang Negara (PAC) pada 1994.

Beliau menjadi Ahli Majlis Tertinggi UMNO 2000-2003 setelah undi kelapan terbanyak dengan 1,268 undi. [2]

Kemudian dilantik sebagai Menteri Kewangan Kedua pada 21 November 2002. Berikutan rombakan kecil kabinet pada bulan Januari 2004, Tan Sri Dr. Jamaluddin Jarjis dilantik sebagai Menteri Perdagangan Dalam Negeri dan Hal Ehwal Pengguna sebelum dikekalkan dengan jawatan yang sama selepas Pilihan Raya Umum ke-11. Beliau diberi kepercayaan oleh Perdana Menteri, Tun Abdullah Ahmad Badawi, untuk menerajui Kementerian Sains, Teknologi dan Inovasi pada 30 Mac 2004.

Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 beliau menang kerusi parlimen Rompin, Pahang .Beliau menang dengan mendapat undi sebanyak 21308. Calon lawan ialah Mazlan Mohamed Yasin dari PAS mendapat 10,629 undi - Kalah . Peratus pengundi yang keluar ialah 79%. Undi rosak sebanyak 824.

Jamaluddin Jarjis (JJ) digugurkan dari jawatan Menteri Sains, Teknologi dan Inovasi .