Pada Ogos 2006, kerajaan persekutuan Malaysia mengatur pelan untuk membina Jambatan Kedua Pulau Pinang yang terkandung dalam Rancangan Malaysia Kesembilan. Pada 12 November 2006, majlis penanaman cerucuk besi Jambatan Kedua Pulau Pinang yang baru dilakukan oleh Perdana Menteri Malaysia, Dato' Seri Abdullah Ahmad Badawi.

Selepas beberapa bulan, kerja-kerja menuang tanah dan penimbusan tiang berjaya dilakukan, China Harbour Engineering Co Ltd dan United Engineers Malaysia Berhad (UEM Group) mengumumkan projek ini akan disiapkan pada 2013. Kerja-kerja pembinaan bermula pada awal Januari 2008. [6]

Pada April 2008, kerajaan mengumumkan projek ini akan ditundakan selama 9 bulan disebabkan masalah perolehan tanah dan isu reka bentuk dan juga lonjakan kos bahan binaan[7]. Ketua Menteri Pulau Pinang yang baru dilantik, Lim Guan Eng mencadangkan diskaun tol untuk setiap kelewatan projek ini[8] dan meluahkan kekecewaan ke atas kelewatan pembinaan projek ini[9].