Pada 13 Julai 1793, Marat sedang membuat kerja di permandiannya apabila seorang gadis - Marie-Anne Charlotte de Corday d'Armont dari Caen - memperkenalkan dirinya dengan tujuan memberi maklumat mengenai pihak Girondin yang melarikan diri ke Normandy. Isteri Marat teragak-agak mahu mengundangnya masuk, namun Marat membenarkan Charlotte masuk. Charlotte dan Marat mula berbual di mana Charlotte mula memaklumkan keberadaan pihak Girondin dan orang yang terlibat dalam puak tersebut. Marat berseloroh dengan yakin bahawa pihak tersebut akan ditangkap dan dihukum segera dalam masa beberapa minggu. Corday sebaik mendengar maklumat itu mengeluarkan suatu pisau dari korsetnya lalu terus menikam Marat di bahagian jantung menusuk aortanya; Marat terus mati tersungkur di takungan mandinya[11].:291

Corday ditangkap tidak lama kemudian dan didakwa Tribunal révolutionnaire atas kejadian tersebut - dia didapati merupakan seorang penyokong puak Girondin yang sangat membenci puak Montagnard, terutamanya Marat. Dia dihukum mati di gilotin pada 17 Julai 1793.

Mayat Jean-Paul disemadikan di tanah perkuburan Gereja Saint-Étienne-du-Mont.[12]