Dilahirkan pada tahun 1357 sebagai Yi Bang-Gwa, beliau seorang pegawai tentera yang bijak, murah hati, berani dan berkebolehan. Semasa hari-hari terakhir Dinasti Goryeo, Jeongjong mengikuti bapanya, Yi Seonggye, ke pelbagai pertempuran dan berjuang di sisinya. Ketika ayahnya menjadi raja pada tahun 1392, baginda menjadi putera.

Raja Taejo mempunyai dua orang isteri—yang pertama, yang melahirkan enam orang putera raja termasuk Jeongjong, meninggal sebelum Raja Taejo ditabal. Taejo mempunyai isteri kedua, yang mempunyai 2 orang putera. Raja menyukai putera bongsunya, yang ibunya adalah isteri kedua Taejo. Perdana Menteri Jeong Dojeon juga menyokongnya sebagai pengganti takhta, menyebabkan kekecewaan putera-putera lain. Pada 1398, anak kelima Raja Taejo, Yi Bang-won, yang kemudiannya menjadi Raja Taejong dari Joseon, mengetuai rampasan kuasa bersama beberapa pegawai tentera dan membunuh dua adinda lelakinya itu, Perdana Menteri Jeong, dan banyak puak pengikutnya. Yi Bang-won yang pada mulanya cuba menunjukkan bahawa baginda tidak bermaksud untuk mengambil takhta, memberi sokongan kepada kakandanya, Jeongjong (yang juga yang paling tua ketika itu), menjadi putera mahkota. Raja Taejo kecewa dengan peristiwa tragis itu lalu menuruni takhta, dan Jeongjong menjadi raja pada tahun berikutnya, 1399. Tahun yang sama baginda memindahkan ibu kota kembali ke Gaegyeong, ibu kota Goryeo yang lama.

Pada tahun 1400, konflik berlaku antara Yi Bang-won dan kakandanya, Yi Bang-gan. Pasukan Yi Bang-won menyerang dan mengalahkan Bang-gan, Bang-gan kemudian dihantar ke pengasingan bersama keluarganya. Ketua Bak Bo, yang memujuk Bang-gan untuk memerangi Bangwon, telah dibunuh. Raja Jeongjong, mengetahui yang kini pemangku kerajaan itu adalah adindanya Bangwon, lalu melantiknya sebagai putera mahkota dan menuruni takhta beberapa hari kemudian.

Beliau adalah seorang pentadbir yang bijak walaupun pemerintahannya yang singkat dicemari dengan pertumpahan darah di dalam keluarga diraja. Beliau mengharamkan semua jenis tentera peribadi atas nasihat Putera Mahkota Bangwon. Baginda mangkat pada tahun 1419, dan dikebumikan berhampiran Kaeseong.