Pilihanraya Kenya diadakan pada bulan Mei 1963.Kenyatta Kanu menewaskan Kadu dengan memenangi 83 kerusi daripada 124 kerusi. Pada 1 Jun 1963, Kenyatta menjadi perdana menteri kerajaan Kenya autonomi, dengan Queen Elizabeth II sebagai Ketua Negara (selepas kemerdekaan, yang digelar sebagai Ratu Kenya), yang diwakili oleh Gabenor- Jeneral. Beliau secara konsisten meminta peneroka orang putih tidak meninggalkan Kenya dan disokong perdamaian.

Selepas merdeka

Kenyatta mengekalkan peranan sebagai perdana menteri selepas kemerdekaan diisytiharkan dan dirayakan pada 12 Disember 1963.

Pada 1 Jun 1964, Kenyatta menjadi Presiden Kenya apabila beliau berjaya meminda Perlembagaan Kenya iaitu Kenya sebuah republik dengan Presiden eksekutif: ketua Negara, ketua Kerajaan, dan Komander-in-Ketua angkatan tentera.

Dasarnya ke arah 'Africanization' secara beransur-ansur.Ramai kakitangan awam kolonial digantikan oleh warga Kenya. Beliau meminta bantuan tentera British terhadap Pemberontak Somalia , Shiftas , dan Pemberontakan tentera di Nairobi pada Januari 1964.

Pada 10 November 1964, Kadu rasmi dibubarkan dan wakilnya menyertai Kanu, membentuk sebuah parti tunggal.Jomo Kenyatta adalah semula dipilih sebagai Presiden kerana tidak ditentang pada tahun 196. Perlembagaan dipinda lagi untuk memperluaskan kuasanya. Ini menimbulkan konflik sempadan dengan Somalia. Pasukan keselamatan Negeri diganggu pembangkang dan disyaki bersubahat dalam pembunuhan beberapa tokoh terkenal yang dianggap sebagai ancaman kepada rejim, termasuk Pinto Gama Pio , Tom Mboya dan JM Kariuki . Peguam CMG Argwings- Kodhek dan bekas pemimpin Kadu Pemimpin dan menteri Ronald Ngala , juga meninggal dunia dalam kemalangan kereta yang mencurigakan.

Dalam pilihan raya 1969, Jomo Kenyatta mengharamkan satu-satunya parti yang dipimpin oleh Jaramogi Oginga Odinga yang telah dipaksa untuk berhenti.

Pada 29 Januari 1970, beliau telah mengangkat sumpah sebagai Presiden Kenya selanjutnya. Kenyatta sekali lagi dipilih sebagai Presiden pada tahun 1974. Pada 5 Nov 1974, beliau mengangkat sumpah sebagai Presiden untuk penggal ketiga. Kesihatannya semakin lemah. Dia kekal presiden sehingga beliau meninggal dunia empat tahun kemudian pada tahun 1978.